Климат в Южном Судане отличается сильными колебаниями температуры и осадками в течение года. Средняя температура в течение года составляет около 26 градусов Цельсия. В сезон дождей, который длится с апреля по октябрь, выпадает от 500 до 1 200 мм осадков. В сезон сухости, который продолжается с ноября по март, осадков практически нет. Во время этого периода температура может достигать 40 градусов Цельсия.
